Im vierten Teil geht es diesmal um die Geschichte, wie Professor Layton seinen Helfershelfer Luke Triton kennenlernte, sprich wir befinden uns drei Jahre vor dem ersten Abenteuer der beiden – „Professor Layton und das geheimnisvolle Dorf“. Doch auch in diesem Teil steht ihm ein Assistent zur Seite, diesmal allerdings in weiblicher Form. Emmy Altava scheint Hershel Layton von früher zu kennen, doch er hat keine Erinnerung daran und sie lässt ihn zunächst im Ungewissen.
Nachdem der Professor einen Hilferuf in Form eines Briefes von seinem alten Studienkollegen Clark Triton erhalten hat, macht er sich mit Emmy auf den Weg nach Misthallery, wo besagter Mr. Triton Bürgermeister ist. Dort angekommen, erfahren die beiden von einer Legende, bei der vor langer Zeit ein Schatten, dem Ruf einer Flöte folgend, die Bewohner des Dorfes vor einer Räuberbande beschützte. Doch nun ist dieses Phantom angeblich zurückgekehrt und zerstört Misthallery nach und nach.
Glücklicherweise ist bisher noch niemand verletzt worden, da ein ominöses Orakel den Zeitpunkt und den Ort, an dem das Phantom auftaucht, vorhersagt, so dass alle 
Bewohner rechtzeitig evakuiert werden können. Nachdem Professor Layton und Emmy mit Clark Triton gesprochen haben, lernen sie dessen Sohn kennen – Luke Triton! Luke schließt sich den beiden an, um gemeinsam dem Geheimnis des Phantoms auf den Grund zu gehen.
Eingebettet in diese Geschichte geht es wie in allen bisherigen Professor Layton-Spielen in erster Linie um das Lösen mehr oder weniger kniffliger Rätsel. Der vierte Teil hat dabei alle positiven Neuerungen des dritten Teils übernommen, wie z.B. den Super-Tipp bei den Rätseln. Auch die Minispiele sind sich ähnlich, aber statt eines Autos muss man jetzt einen Zug ins Ziel bringen, statt eines Papageien-Paket-Lieferdienstes gibt es jetzt einen Goldfisch-Goldmünzen-Sammler und das Bilderbuch wurde gegen ein Puppenspiel ausgetauscht.
Die Minispiele sind bis auf das Puppenspiel aber etwas schwieriger geworden, so muss man jetzt mehrere Waggons des Zuges ins Ziel bringen und den Zug selbst sogar zwischendurch auftanken, weil man es sonst nicht bis zum Ende schafft. Und der Goldfisch schwimmt manchmal doch ganz anders, als man sich das gedacht hat. Die Rätsel selber folgen dem allseits bekannten und beliebten Spielprinzip der ersten drei Teile. Zumeist sind sie aber recht einfach, so dass man keine Tipps benötigt. Aber es gibt auch Rätsel, bei denen Mathematik- und 
Physikkenntnisse hilfreich sind. Und für alle die, die hier Schwierigkeiten haben, gibt es ja den Super-Tipp. Einziges Manko ist aber diesmal, dass einige Rätsel allein aufgrund der komplizierten Fragestellung schwieriger erscheinen, als sie es eigentlich sind. So soll Luke zwei Eimer Wasser an einem Dorfbrunnen füllen. Dabei muss er mit jedem Eimer einen anderen Weg nehmen, um niemandem aufzufallen. Die verschiedenen Wege selbst sind in Form eines Labyrinths angelegt. Nun kann man stundenlang grübeln, wie man laufen muss, oder aber (Achtung Spoiler!), man nimmt den schnellsten und direktesten Weg außen herum und löst so das Rätsel.
Die Rätsel findet man wieder überall, versteckte Rätsel in Büschen oder an Orten, an denen man eigentlich keine vermutet. Doch nur wer eine gewisse Anzahl löst, kann in Professor Layton und der Ruf des Phantoms weiterkommen. Außerdem muss man wieder so viele Pikarats wie möglich sammeln, um im Bonusteil wieder alle Extras freischalten zu können. Und sollte man mal ein Rätsel verpassen, so findet man dieses später in der altbekannten Rätselhütte bei … nein, nicht Oma Enygma, denn die ist im wohlverdienten Urlaub, sondern bei ihrem Kater Kiez.
Es gibt auch manch Neuerung in diesem Teil, so kann man sich z.Bsp. in Laytons Koffer Episoden ansehen, die bestimmte Situationen aus der Sicht anderer Leute zeigen. Oder man findet man hier zusätzlich Laytons Gedankenspiele beim Ansehen dieser Episoden, die einem vielleicht der Lösung schon näher bringen. Außerdem gibt es noch eine Kuriositätenkiste, in der der Professor alle möglichen (un)brauchbaren Dinge 
sammelt. Wozu er diese sammelt? Ein Archäologe sammelt eben alles, was so rumliegt und irgendwie geheimnisvoll aussieht. Darum sammelt er auch so viele Mäusemarken wie möglich, die ihr immer dann bekommt, wenn ihr rechtzeitig eine vorbeisausende Maus anklickt. Also fleißig klicken und schauen, was dann passiert …
Professor Layton und der Ruf des Phantoms folgt dem altbekannten und bewährten Spielprinzip und macht damit seine Fans über alle Maßen glücklich. Das Spiel präsentiert dabei eine wieder einmal sehr spannende Geschichte, die dazu verleitet, den ganzen Tag mit seinem DS zu verbringen. Die Rätsel variieren in ihrer Schwierigkeit wieder von leicht bis schwer und bieten so für jeden Spieler und Layton-Fan etwas.
Einziges Manko, dass jetzt leider neu hinzugekommen ist: Auf der Jagd nach Hinweismünzen hat jeder der Gefährten seine eigene Meinung zu den unterschiedlichen Objekten und Landschaften, die er auch kundtut, so dass man ständig am Texte wegklicken ist. Das Spiel an sich bietet während der Handlung schon genug Textpassagen, so dass jetzt hier übermäßig viele Dialoge ins Spiel Einzug gefunden haben und manche Stellen so etwas zähflüssig werden lassen. Hier sollten sich die Programmierer im fünften Teil, den ja Nintendo glücklicherweise schon angekündigt hat, wieder etwas zurücknehmen.
Danke
